Calon Promotor Program Doktoral Padjadjaran Tahun 2025
Nama Lengkap: Yunia Sribudiani, M.Sc., Ph.D.
E-mail: [email protected]
Bidang Keahlian: Genetika Molekuler
Prodi S3 Calon Mahasiswa: Ilmu Kedokteran
Judul Penelitian yang Ditawarkan:
Integrasi Biomarker Host-Pathogene berbasis Transkriptomik Darah untuk Memantau Respons dan Memprediksi Keberhasilan Pengobatan Tuberkulosis di Indonesia
Blood Transcriptomics-Based Host-Pathogen Biomarker Integration to Monitor Response and Predict Tuberculosis Treatment Success in Indonesia
Abstrak:
Pemantauan terapi dan penentuan keberhasilan pengobatan masih menjadi tantangan besar dalam pengendalian tuberkulosis. Metode biakan bakteri yang direkomendasikan WHO memiliki sejumlah keterbatasan, seperti sensitivitas rendah, waktu tunggu lama, risiko biohazard, serta sulitnya memperoleh sputum berkualitas. Hal ini membatasi pengunaannya dalam pemantauan pengobatan maupun pengembangan obat. Sebagai alternatif, biomarker transkriptomik berbasis darah menawarkan pendekatan non-sputum yang dapat mencerminkan respons imun inang terhadap infeksi tuberkulosis. Salah satu set biomarker transkriptomik berbasis darah yang banyak dipelajari sebagai pemantau respons dan prediktor keberhasilan pengobatan adalah set penanda mRNA RISK6 yang diproduksi sel inang. Pada penelitian ini, penggunaan RISK6 sebagai biomarker transkriptomik inang berbasis darah yang digabungkan dengan sekuens biomarker patogen Mtb berupa RNA untuk memberikan wawasan baru dalam mempelajari hubungan interaksi patogen Mtb dengan inang di skala molekuler. Penelitian ini merupakan penelitian dengan sampel konsekutif, yang melibatkan partisipan terkonfimasi TB SO (Sensitif Obat), TB RO (Resisten Obat), dan orang sehat. Sampel sputum dan darah akan dikumpulkan pada beberapa titik waktu. Pengukuran ekspresi biomarker inang dan biomarker patogen akan dilakukan dengan RT-qPCR pada sampel RNA yang diekstraksi dari darah. Sampel sputum digunakan untuk pemeriksaan mikrobiologi, untuk mendapatkan korelasi antara data ekspresi biomarker inang, patogen, dengan perubahan pada hasil pemeriksaan mikrobiologi seiring pengobatan. Hasil penelitian ini diharapkan dapat menunjukkan potensi pendekatan molekuler dengan biomarker transkriptomik berbasis darah sebagai metode alternatif pemantauan pengobatan dan prediksi keberhasilan terapi TB. Validasi lebih lanjut berpotensi mempercepat penanganan TB, khususnya di Indonesia yang masih menghadapi beban kasus tinggi dan tingkat keberhasilan pengobatan yang belum optimal.
Abstract:
Monitoring therapy and determining treatment success remain major challenges in tuberculosis (TB) control. The bacterial culture methods recommended by the WHO, although considered the gold standard, present several limitations, including low sensitivity, prolonged turnaround times, biohazard risks, and difficulties in obtaining high-quality sputum samples. These constraints limit its utility in both treatment monitoring and drug development. As an alternative, blood-based transcriptomic biomarkers offer a non-sputum approach that can reflect the host’s immune response to TB infection. One of the most extensively studied transcriptomic biomarker panels for monitoring treatment response and predicting treatment success is RISK6, a set of host-derived mRNA signatures. This study investigates the use of RISK6 as a host transcriptomic biomarker in combination with pathogen-derived RNA biomarkers from Mycobacterium tuberculosis (Mtb), aiming to provide new insights into host-pathogen interactions at the molecular level. This is a consecutive-sample study involving participants with confirmed drug-sensitive TB (DS-TB), drug-resistant TB (DR-TB), and healthy individuals. Blood and sputum samples will be collected at multiple time points. Host and pathogen biomarker expression will be measured using RT-qPCR on RNA extracted from blood samples. Sputum will be analysed through microbiological testing to assess correlations between host and pathogen biomarker expression and microbiological changes during treatment. The results of this study are expected to demonstrate the potential of molecular approaches using blood-based transcriptomic biomarkers as alternative methods for treatment monitoring and outcome prediction in TB. Further validation may accelerate TB management, particularly in Indonesia, where the disease burden remains high and treatment success rates are suboptimal.